Jacques van Oortmerssen ha iniziato i suoi studi musicali al conservatorio di Rotterdam, studiando organo con André Verwoerd e pianoforte con Elly Salomé. Ha finito i suoi studi con ‘cum laude’ e ha vinto un premio speciale in improvvisazione. Dal 1974 al 1976 ha studiato a Parigi con Marie-Claire Alain. Nel 1976 ha vinto il premio Prix d’Excellence.
Nel 1977 si è diplomato come solista in pianoforte e nello stesso anno ha vinto il primo premio alla competizione nazionale olandese. Dal 1979 è professore d’organo al Sweelinck conservatorio di Amsterdam, dove il suo corso d’organo attira studenti da molti paesi di tutto il mondo. Nel 1982 ha preso il posto di Gustav Leonhardt come organista titolare della chiesa Waalse ad Amsterdam.
Inoltre è stato per molti anni docente ospite all’università di Goteborg, al conservatorio di Lyon e alla Sibelius Accademia. È molto richiesto come docente e organista ai conservatori e alle università di tutto il mondo. Van Oortmerssen è molto famoso come conduttore, compositore e consulente d’organo.
Le opere complete d’organo di Brahms e C. P. E. Bach (BIS) fanno parte delle sue numerose registrazioni per varie case discografiche e trasmissioni radiofoniche. Nel 1994 Jacques van Oortmerssen ha iniziato la registrazione delle opere complete di J. S. Bach sui più importanti organi storici d’Europa (Challenge Classics).
È deceduto il 21 novembre 2015.